Sistem dizaynı, amaçların tanımlanmasını, gereksinimlerin belirlenmesini, çözümlerin belirlenmesini ve amaçlara uygun çözümlerin değerlendirilmesini içerir. Sistem geliştirme çabalarının en önemli ve en genel amacı optimum sistem konfigürasyonuna ulaşmaktır. Optimizasyon çalışmaları, bazı sistem performans ölçütlerini maximum veya minimum yapmak için gerekli olan en iyi sistem dizaynı ve sistem işletim parametrelerine ait kombinasyonları bulmak için yapılır. 

Bazı durumlarda kendimizi çelişkili amaçlarla uğraşıyor bulabiliriz. Örneğin, kaynak kullanımını maksimumda tutma, bekleme sürelerini minimumda tutma, ile çelişebilir. Sistem optimizasyonu yaparken öncelikleri belirlemede dikkatli olunmalı ve doğru “amaç fonksiyonu” (objective function) belirlenmeye çalışılmalıdır. Örneğin eğer bir kaynağın kullanımı maximumda tutulmak isteniyorsa bu, kaynağın önündeki kuyruğu sürekli dolu tutmayı gerektirebilir, bu durumda da proseste birikimler ve yüksek envanter maliyeti oluşacaktır. Servis sistemlerinde ise uzun kuyruklar sonucu, uzun bekleme süreleri oluşacak ve müşteri memnuniyeti sağlanamayacaktır. Diğer bir uç örnek olarak kuyruklardaki envanteri veya bekleme süresini tamamen ortadan kaldırmak için kaynak sayısını artırmak gerekliliği verilebilir. Bu durumda ise doğal olarak kaynak maliyeti oldukça fazla olacak ve kuyrukları kaldırarak elde edilen kazanç maliyeti karşılamayacaktır. Genellikle en iyi strateji kaynak sayısı ve bekleme süresi arasındaki dengeyi bulmak dolayısıyla maliyeti minimumda tutmaktır. 

Lineer programlama, dinamik proglamlama gibi optimizasyon yöntemleri sadece bir amaç fonksiyonunun göz önüne alınıp, minimize veya maksimize edilmeye çalışıldığı yöntemlerdir. Amaç fonksiyonlarına örnek olarak en az maliyet, en fazla kullanım yüzdesi, en fazla gelir, en az bekleme zamanı... verilebilir. İkincil amaçların da çok önemli olduğu durumlarda bu yöntemler, en iyi sonuçları sadece bir amaç fonksiyonu için bulduklarından sınırlı kalmaktadır. Ayrıca rassal ve dinamik sistemlerin modellenmesinde bu yöntemler , analizi yapan kişinin ortalama bekleme süreleri veya ortalama geliş hızları gibi yanıltıcı verilerin modelde kullanmasını gerektirmektedir. Fakat simülasyonla modelleme, bir çok amaç fonksiyonunun aynı anda gözönünde bulundurulmasıyla sistemin analizine izin verir.

Simülasyon, sistem performansının bir çok faktöre bağımlı olarak nasıl değiştiğinin gözlemlenmesine olanak sağlar. Bu faktörlere örnek olarak aktivitelerin gerçekleşme süreleri, parçaların sisteme geliş ve ilerleme hızları, maliyet ve gelirler, personel ve makina kullanım yüzdeleri verilebilir. Bu, simülasyon çalışması yapılan firmadaki bir çok iş birimine, operasyonların en ucuz maliyet ve en iyi kalitede nasıl gerçekleştirileceğine dair bilgi sağlaması açısından da önemlidir. Karar verici konumundaki her iş grubu veya bölüm, en iyi çözüme ulaşmak için gerekli, kendisine ait toplanmış veriye sahip olabilir.

ProModel ile bütünleşik olarak çalışan SimRunner henüz hiçbir benzetim yazılımında bulunmayan gerçek bir optimizasyon modülüdür. SimRunner, kontrolünüze bağlı olan ve model içinde değişimine izin verdiğiniz parametreleri alır (operator sayısı, işlerin öncelik kriterleri gibi) ve esnek amaç fonksiyonları tanımanıza olanak sağlar. ( her amaç fonksiyonuna belirli ağırlıklar verilir). Bu tanımlamalardan sonra, Sim Runner amaç fonksiyonları üzerinde optimum bir sonuca ulaşmak için , model üzerinde otomatik olarak, değişik senaryoları test eder. DOE (design of experiments) ve faktöryel dizayn temeline dayalı bu modül ile sistemdeki birçok eleman optimize edilebilmektedir. Bunlara örnek olarak;

» Setup sürelerinin ve sayısının minimuma indirgenmesi 

» Optimum operatör ve/veya iş istasyonu sayılarının bulunması 

» Optimum kafile büyüklükleri 

» Optimum işlem sıraları 

» Makinaların ve/veya kaynakların kullanım kapasitelerinin maksimuma çıkartılması 

» Maliyetlerin minimuma indirgenmesi 

» Üretimin (throughput) maksimuma çıkartılması 

» Makinaların ve/veya kaynakların boş kalma sürelerinin minimuma indirgenmesi 

» Darboğaz makina ve/veya kaynakların iyileştirilmesi 

sayılabilir.